La destruction des habitats :

La destruction des zones humides s'est considérablement accélérée dans la seconde moitié du XXème siècle. Elle a sans doute été très défavorable au Vison d'Europe. La dégradation récente de nombreux milieux naturels (pollution, modification de la végétation...) s'est par ailleurs traduite par une baisse globale de leur capacité d'accueil pour l'espèce.

Les destructions directes :

La mortalité routière :
Certaines infrastructures routières peuvent également être meurtrières. Même si le nombre total de visons d'Europe victimes de collisions routières est difficile à estimer, tout facteur de mortalité s'exerçant sur des populations fragiles peut conduire rapidement à une situation irrémediable.

Les campagnes d'empoisonnement :
Les campagnes d'empoisonnement des rongeurs déprédateurs constituent également une menace bien réelle. Le Vison d'Europe peut s'intoxiquer en consommant des rongeurs ou d'autres espèces non ciblées par les campagnes d'empoisonnement mais qui ont consommé des appats traités aux anticoagulants, et qui constituent des proies potentielles pour lui.
Des cas d'intoxications secondaires ont été mises en évidence chez les carnivores (voir les résultats de la recherche de contaminants).

Le Vison d'Amérique :

Le Vison d'Amérique tend à s'étendre de plus en plus en France et il est probable que si rien n'est fait, il colonisera à terme la totalité des réseaux hydrographiques encore occupés par le Vison d'Europe. Sa présence n'est pas souhaitable car il occupe la même niche écologique que le Vison d'Europe et il a un effet indirect très défavorable sur celui-ci du fait des dégâts qu'il occasionne dans les piscicultures et les élevages agricoles. Dès qu'il est présent, des campagnes de destruction sont organisées avec un risque important de confusion entre les deux espèces.

L'action d'agents pathogènes :

Depuis quelques années, émerge l'idée que le déclin du Vison d'Europe pourrait résulter au moins en partie de problèmes pathologiques. Une des hypothèse est que le Vison d'Amérique aurait introduit un agent infectieux auquel il resisterait lui-même relativement bien mais qui décimerait les populations de Vison d'Europe déjà fragilisées. La maladie aléoutienne est en particulier bien connue pour affecter les élevages de Vison d'Amérique et la circulation du virus en nature a été mise en évidence (voir l'étude sanitaire). De nombreuses autres pathologies peuvent également être incriminées.